Posted by 碼頭
進入遊戲後，史內克(Solid Snake)會發現自己目前正位在一個碼頭般的地點，此時先不要急著做任何的動作，先看看四周的環境，瞭解一下自己的位置以及四周的狀況。此時無線電響起，這是一通來自坎貝爾(Campbell)上校的訊息，他教史內克要利用趴下的動作來爬過前方的障礙物。以後若是再遇到這種下方有空間的障礙物，就可以利用同樣的方式來通過。
在要爬過這個障礙物之前，先沿著下方的樓梯走到水中，在梯子左側的鐵桶後方有一份口糧(Ration)，別忘了先將它取得。這個口糧可以用來恢復體力，在遊戲的初期身上最多可以放置兩份口糧，因此別忘了在這裡先將它放滿，這在任務進行中非常的重要。
作者註：在進入水中的時候，會看到一條標示為『O2』的長條出現在體力的下方，這是用來標示氧氣的指標。停留在無法呼吸的地區就會出現這個長條，它會慢慢的減少。當這個長條完全消失後，體力就會開始降低，最後則會導致角色的死亡。因此停在這種無法呼吸的地區時，要注意這個長條的狀況。
取得這份口糧之後，就可以趴下爬過前方的障礙物，正式的進入港口地區了。在這個地區有敵方的士兵在巡邏，因此在史內克行動的時候要小心不要被敵人發現了；另外在地上有積水的地方，踏在上面引發的腳步聲也會吸引敵方士兵的注意，可千萬要小心。
作者註：史內克身上物品數量的上限，是隨著遊戲的進行不斷的提升的。舉例來說，在遊戲開始時身上只能放兩份口糧。但是隨著遊戲不斷的進行，口糧存放的數量上限也會開始提升。
由於目前史內克身上並沒有武器，因此除非您對於從後方絞殺敵方士兵有很充足的把握，否則還是小心前進避免被這些士兵發現的好。在碼頭的最上方有一具電梯，當史內克走到電梯的附近時無線電就會再次響起，坎貝爾上校表示這座電梯可以把主角帶到地面上，要主角等候電梯降下來。
作者註：如果您的絞殺技巧良好，那麼您會發現在遊戲中這些出現的士兵都會成為您的道具補充。不過並不是所有出現的士兵都可以殺死的，當你發現有些士兵無論怎麼樣都殺不死的時候，那就表示它是屬於那種無法殺死的士兵。
在等待電梯的時間中，可以躲在碼頭右上角堆高機的角落。由於士兵不不會同時從兩方接近，因此在這裡可以輕鬆的躲過巡邏的敵方士兵。等到電梯降下來了之後，再閃過第三位士兵走進電梯，就可以搭乘電梯來到地面了。
直升機停機坪
來到直升機停機坪之後，無線電又響了起來。史內克打開無線電，發現又是坎貝爾上校和直美(Naomi)來的連絡。他們詢問起史內克身上所穿的服裝是否運作正常，並且要史內克等候誘敵部隊引開敵人的注意。此時恐怖份子也發現了派來引開它們注意的兩架F-16戰鬥機，啟動了直升機前去迎擊。
此時又有新的成員加入無線電的行列，這位新的成員名叫美玲(Mei-Ling)，是軍方的技術人員，此次行動所使用的無線電設備Codec以及視像雷達，都是由她所設計的。接下來美玲會開始介紹視像雷達的使用重點，並且教導史內克如何利用雷達上的資料來執行任務。由於此次的任務還有著救出達帕(DAPPA)局長的次要目的，因此當雷達上出現綠色的方塊時，就表示已經找到了達帕局長的位置。
作者註：在遊戲中坎貝爾上校是屬於資料提供型的通訊對象，當任務的執行有問題或是進行不下去的時候，可以試著和他進行連絡。從坎貝爾上校的談話中，常常可以找出通過某個關卡的方式。
接著坎貝爾上校又開始繼續說明任務的進行方式了，在敵方的直升機離開後，現在可以開始進行潛入基地內部的行動了。要想潛入基地內部，有兩條不同的路線可以選擇。第一條入侵的路線位於基地大門的左側，在那裡可以看到有個通風口可以深入基地內部。不過那個地方有士兵在站崗，若是從這個地方冒險潛入，會有被發現可能；另一條潛入的路線在入口的二樓，在那裡的也有一條通風口的通道。
作者註：依遊戲的設計，玩家可以自由選擇從這兩個不同的地點潛入基地內部。不過第一條路線的風險太高，在這裡筆者建議從第二條路線潛入是比較好的選擇。
在前往入口二樓的路途中，要注意幾件事。首先是史內克走在雪地上時會留下腳印，這些腳印若是被巡邏的士兵看到，他們會沿著腳印一路跟過來。因此在這個時候，會有被發現的危險。其次從這裡開始，會有監視攝影機出現在一些重要的地點上方，如果被監視攝影機看到，那麼將會觸動警鈴引來士兵。想要不造成這個結果，就要利用視線的死角來躲開監視攝影機。躲開在基地入口以及二樓巡邏的士兵後，就可以從二樓的通風入口潛入。
坦克庫房
從通風的管道一路爬，在中途無線電又再次的響起。史內克開啟無線電，這次的通訊對象則是米勒教官(Master Miller)。由於米勒教官是史內克的恩師，因此史內克向他詢問了一些有關於阿拉斯加地區的情報。米勒教官在說明了之後，告訴史內克之後若是再有關於阿拉斯加的事情要問，可以再打開無線電與他通訊。爬過了很長一段的通風管後，終於進入了基地內部。這裡看起來像是個庫房，裡面停放著兩輛巨大的坦克。
作者註：依玩家選擇潛入基地的路線不同，在這裡史內克出現的位置也會不同。如果說玩家是從基地外大門左側的通風口潛入的話，那麼此時出現的位置是在坦克庫房的一樓；如果說當時是選擇二樓的通風口，那麼出現的位置就是在坦克庫房的二樓了。
才踏入庫房，無線電又響了起來。於是史內克找了個隱蔽的地點，再次打開了無線電。無線電的一方還是坎貝爾上校，他在知道史內克進入基地內部之後，立刻指示史內克不要浪費時間，立刻搭乘電梯到地下一樓去。不過在搭電梯進入地下一樓之前，請先在坦克庫房四週看一下。在庫房的一、二樓有好幾間房間，其中好幾間都因為有著電子鎖而無法進入。不過在其中一間可以進入的房間裡，放有一具紅外線夜視鏡(THERM.G)，這在之後的遊戲中相當有用，記得先將它取得。
作者註：若是現在不先取得紅外線夜視鏡的話，等到後來遊戲進行下去，這間房間會被電子鎖關上，那時候想要取得紅外線夜視鏡就非常困難了。
電梯位於坦克庫房一樓的左上角，對著控制面板按下按鍵，就可以打開電梯。進入電梯後轉身找到按鍵所在的面板，選擇要去的樓層，就可以搭乘電梯前往指定的樓層了。
地下一樓
來到地下一樓後，無線電又響了起來。原來在雷達上出現了綠色的光點，這表示說被抓走的達帕局長就在這一樓。於是史內克依雷達上的光點位置，來到了此地右下方的通風管入口處。在坎貝爾上校的指示下，爬上了這個通風管，開始尋找達帕局長所在的牢房。
作者註：在通過有往下的通風口的時候，可以向下看看底下有些什麼狀況。在這個通風管中，一共有三個可以向下望的位置。除了可以通往達帕局長的地點外，還可以看到廁所以及關著一位神秘女性的房間。
來到達帕局長所在的牢房後，史內克從通風管進入牢房裡，向局長表示自己是前來救他的。由於恐怖份子表示若是不服從他們的要求，那麼二十四個小時之後將會發射核彈，因此史內克也向局長詢問他們是否真的有發射核彈的能力。局長表示說要發射核彈需要兩組密碼，這兩組密碼分別由他以及貝克總裁所持有。雖然說他沒有說出密碼，但是恐怖份子中的讀心人卻利用讀心的能力取得了密碼。
接下來達帕局長又說了貝克總裁被關在地下二樓，恐怖份子用水泥將牆壁給封了起來。想要找到那些封起來的地方，只要仔細的觀察並且敲敲看就可以了。接著達帕局長將一張等級一的ID卡交給史內克，表示有了這張卡史內克就可以通過所有標示為等級一的電子鎖。
就在達帕局長說完這些事之後，他突然間出現了痛苦的表情，就在那一瞬間局長倒在地上死了。史內克趕緊打開無線電，想向坎貝爾上校詢問這是怎麼一回事。在史內克的逼問下，上校表示此次的任務是由更高的單位負責，而他不過是被派來幫助史內克執行任務的。對於那些更高層的秘密，以他的機密等級是無法得知的。
連絡結束後，牢房外傳來奇怪的聲響。正當史內克在懷疑外面是不是發生了什麼事的時候，牢房的門居然打開了。於是史內克踏出牢房，卻被一個穿著士兵服裝的人拿著步槍指著。就在兩人發生爭執的時候，警報響了起來，一批批的士兵湧入牢房來。這已經不是吵架的時候了，於是史內克和這位不知來歷的士兵一起打倒了出現的士兵。
作者註：如果說牢房的門一直沒有打開的話，那麼請您在牢房內等一下子。通常來說，在達帕局長死了之後沒過多久，牢房的門就會打開的。因此只要您耐心的等一下，這段劇情是一定會發生的。
打倒所有出現的士兵後，這個穿著士兵服裝的傢伙踏著詭異的步法離開了牢房。史內克雖然想要追上去查個究竟，但卻被他開槍阻止了。於是史內克只好放棄這個想法，搭乘電梯來到地下二樓。
地下二樓
來到地下二樓後，會發現這一層是武器庫房。以目前狀況來說，此地並沒有敵人出現，但是要小心地上的機關，若是不小心停在陷阱上，會因為陷阱打開而跌入地獄的。以手上持有的等級一的ID卡，可以打開其中的幾個房間，在裡面最重要的，就是要找到C4炸藥。
取得C4炸藥之後，就要找出可以用這個炸開的牆。想要找出可以炸開的牆，就要仔細的看，當您發現有某一塊牆的顏色不同的時候，試著靠上去用手敲敲看，如果傳來的是空洞的回音，那麼就表示這裡可以使用C4炸開。在此地的左上、右上、以及左下各有一個地方可以炸開。
炸開左下的通道後，會進入武器庫南端的房間。在這一條通道中也可以找到可以炸開的地點，經由C4炸藥的使用，就可以找到貝克(Kenneth Baker)總裁所在的房間。在這條通道的盡頭，還可以找到兩間目前無法進入的房間，由於手上的ID卡等級不夠，這些房間目前還打不開，等到之後有足夠的等級之後，記得要再前來取得裡面的東西。
作者註：在這兩間房間中，有一間裡面放置有一台照像機(Camera)。當您有了這件道具之後，就可以在遊戲中進行照像的活動。這些照像後的像片，會存放在遊戲的硬碟路徑中，讓您可以隨時拿出來欣賞。此外，在遊戲中還有一些地方，據說可以照出有特殊影像的照片，請自己去找尋這些地點，這也是遊戲的另一種樂趣。
頭目戰：左輪奧塞羅
看到貝克總裁的同時奧塞羅(Revolver Ocelot)也出現，他手拿著六發裝的左輪手槍，在這裡等著史內克的出現。由於綁著貝克總裁的繩子都和炸彈連著，因此在躲避子彈的時候千萬不要碰到這些線。想要打倒奧塞羅，就要一面躲開他的子彈，然後利用他裝填子彈的時候攻擊他。
作者註：奧塞羅的手槍共有六發子彈，因此找一條固定的路線左右不停的移動就可以躲開他所有的子彈。當他開始進行裝填子彈的時候，只要史內克不要靠得太近，他是不會移動的，這就是最好的攻擊時機。
將奧塞羅打倒之後，出現了一位神秘的人物。有個手持武士刀的忍者出現在這個房間裡，將奧塞羅的手砍斷。在忍者消失後，史內克先取得了等級二的ID卡，然後開始詢問相關的事情。從貝克總裁的口中，得知他已經把核彈的起動密碼告訴了恐怖份子，不過此時史內克卻聽到了很奇怪的事。據貝克局長所說，他和達帕局長都受果手術，因此就算是敵方有具有讀心能力的人，也應該無法讀取他們的記憶。他自己是因為受不了拷打所以才說出密碼，可是局長應該不會是這麼脆弱的人，又怎麼會說出密碼呢。
接著史內克詢問貝克總裁的手中是否持有解除核子武器的卡片，貝克卻表示他將自己的卡片交給一位假扮士兵的女子。史內克判斷這位女子可能就是坎貝爾上校的姪女，因此目前應該是要和她取得連絡。貝克總裁表示自己已經忘記了這位女子的Codec頻率，不過只要檢查盒子的包裝，就可以找到她的頻率。
就在史內克向詢問有關解除核武的方式時，貝克總裁提起了一個人，這位名叫哈爾‧艾馬利(Hal Emmerich)的人是這個計劃的首席工程師，可能也是唯一知道如何停止Metal Gear Rex發射核彈的人。由於他的工作場所位於北邊的核彈儲存庫裡，因此接下來的目標看樣子就是那裡了。
就在這些話說完之後，貝克總裁也突然的倒了下來，依他的樣子來看，好像又是心臟病發的樣子。不過連續兩個重要人士都因為心臟病發而死，是相當不正常的事情，於是史內克打開無線電，想從坎貝爾上校和直美的口中得知這是否有什麼陰謀。不過從這兩人的口中，卻無法得到任何相關的情報。
由於上校的要求，史內克決定和他的姪女梅若(Meryl)取得連絡，於是打開無線電輸入了無線電的頻率(無線電的頻率是140.15，這數字在原版的遊戲包裝盒上可以找到)。在和梅若取得連絡之後，決定了下一個目標就是北方的核彈儲存庫。雖然史內克手中的ID卡還不能打開通往那裡的門，但是梅若表示將會協助他。
作者註：在前往坦克庫房前，別忘了用剛取得的ID卡打開某些原本無法打開的電子鎖。在地下二樓的武器庫房裡，可以取得一把步槍(FA-MAS)。這是一把比起之前取得的手槍要好用的武器，具有連射的機能。不過在取得的房間有紅外線保護，若是觸動了警報會引來士兵。另外在坦克庫房裡有一具地雷偵測器(MINE.D)是之後馬上就有用的，也不要忘記了。
坦克庫房
來到坦克庫房後再次和梅若取得連絡，沒過多久她就會打開通往雪地的大門。不過在這個通道上，有著紅外線的警報器。如果不小心啟動了警報，那麼兩邊的大門將會降下，同時釋放出毒氣毒死所有被困在此地的人。此時使用之前取得的紅外線夜視鏡，就可以看得到那些移動的紅外線。躲開這些紅外線，就可以進入雪地溪谷了。
作者註：如果你之前忘了取得紅外線夜視鏡，那麼此時存放有它的房間會被你所無法打開的電子鎖關上。此時請使用香煙(Cigaret)，靠著它吐出的煙也可以看得到紅外線。雖然說效果比較差，但這也是沒有辦法中的辦法。
雪地溪谷
一踏入雪地溪谷，無線電又響了起來。原來這個地方埋有許多地雷(Claymore)，如果不注意這麼貿然進入的話，可是會被炸得亂七八糟的。啟動地雷偵測器就可以在雷達上看到地雷的位置，然後小心的用爬的方式靠近它，就可以取得這些地雷將它回收。過了有地雷的這一段區域後，會看到一台坦克出現史內克的面前。
作者註：取得地雷的唯一辦法就是用爬的，因此若是沒有地雷偵測器的話，也可以在你認為放置有地雷的位置用爬的通過，如此也可以將地雷解除。
頭目戰：坦克
在開始的時候，由於史內克和坦克的距離很遠，因此坦克會用大砲進行攻擊。此時一面躲避攻擊，一面靠近坦克是唯一的辦法。等到靠近坦克之後，由於坦克的速度很快，因此可以先用地雷將它的履帶炸斷，如此坦克的移動速度就會減低不少。然後用手榴彈(Grenade)進行攻擊，將它投入坦克的的駕駛艙內，把兩位士兵炸死就可以打敗它。擊敗之後，史內克獲得了等級三的ID卡，順利的進入核彈儲存庫。
作者註：在使用手榴彈進行攻擊的時候，要注意坦克的狀況。舉例來說，在第一名士兵被炸死的時候，會有一小段時間第二名士兵還沒有出現。此時若是投出手榴彈，只不過是浪費彈藥罷了。
核彈儲存庫
踏入此地後，會看到一扇半開的門。趴下來爬進去，就正式的進入核彈儲存庫。此時無線電傳來了新的連絡，對方則是納塔莎(Nastasha Romanenko)。納塔莎是武器專家，她警告史內克在這的地方絕對不能使用武器，因為武器將會引發危險的狀況。由於武器都不能使用，因此最好避開敵人慢慢的向二樓的電梯接近。利用電梯，進入核彈儲存庫地下一樓。
作者註：此地最好的行動方式，就是利用取得的箱子。在遊戲中會取得三個有不同標示的箱子，使用這些箱子後，就可以比較不吸引士兵的注意。一般來說，只要選擇了正確的紙箱，然後又不擋在路中間，那麼士兵通常在看著幾眼之後會就離開。
核彈儲存庫地下一樓
這一層看起來像是研究室，裡面有許多的小房間。在某個可以用ID卡打開的房間裡，放有一具無線搖控火箭(NAKITA)。這具武器在之後要通過機關時會有用處，因此首要目的就是找到它。找到無線搖控火箭後，再搭電梯來到核彈儲存庫地下二樓。
作者註：此地巡邏的士兵常會進入男廁所中，當他們站在廁所裡的時候，通常也是最沒有防備能力的時候。此時若是走到他們的身後，可以很輕鬆的把它們絞殺。
核彈儲存庫地下二樓
來到這一層之後，會發現此地的地板上通有電流，因此史內克是無法踏入這個區域的。記得剛才取得的無線搖控火箭嗎，仔細的看看地圖，搖控火箭將電源炸掉之後，就可以解除地上的電流。不過在這個地方有兩件事要注意，第一是此地的空氣有毒，史內克停留時會以閉氣的方式來行動。此時的狀況和潛在水中相同，要注意氧氣的存量；其次是火箭飛行的路上有許多防衛機槍，若是火箭的飛行速度太慢會被這些機槍擊毀。
成功的用無線搖控火箭破壞電源之後，地上的電流就消失了。在這一條充滿了毒氣的通道上有許多房間，其中的一個房間裡有一具防毒面具(Gas Mask)，使用它就可以延長在這種地方停留的時間。將必要的東西都取得之後，就可以由通道的右側前往研究室。
作者註：使用防毒面具並不能暫停空氣的消耗，只能減慢消耗的速度。因此就算是戴了防毒面具，還是要注意氧氣的消耗狀況。
在那裡，史內克看到了慘不忍睹的景象，路上全是倒在血泊中的士兵。就在史內克快要走到研究室的時候，走道的盡頭傳來了士兵的慘叫聲。史內克往前一看，發現正是之前曾經出現過的那個神秘的忍者在攻擊士兵。那些恐怖份子的手下根本就不是忍者的對手，沒兩下子就被忍者一刀砍死。就在最後一名士兵死在它的刀下後，它一刀砍向研究室大門的電子鎖，進入了這個房間。
頭目戰：忍者
眼看著忍者就要對付自己要找的研究員，史內克不得不面阻止。在進入戰鬥的時候，初期所有的武器都無法產生作用。此時先將武器收起來，用拳腳來對付它。忍者的行動方式是固定的，只要觀察一下子就可以找出它的行動方式。在連續的打倒它幾次後，它會突然隱身。此時請仔細的觀察畫面，您會發現忍者站立的位置的影像有點偏移。
不斷的攻擊到某個階段後，忍者的身上會出現一層光圈。到了這個階段時一般的拳腳已經傷不到它了，同時史內克若是冒險靠近它，反而會被這光圈給震倒。於是此時就可以取出武器，用槍把忍者打倒吧。
打倒忍者之後，他又消失在史內克的眼前。此時史內克的心裡想起了一個人的名字，那個早就應該死在之前的任務中的友人。於是史內克打開無線電，向坎貝爾詢問這件事。雖然說直美吞吞吐吐的不太肯說，但還是讓史內克知道了部份的事實。那個忍者正是應該早在之前的事件中死亡的銀狐，由於軍方所從事的基因實驗，使得它才又再回到人間。
得知忍者的真面目後，史內克把哈爾博士叫出來，向他詢問有關Metal Gear的事情。從博士的口中，得知了Metal Gear裝配有相當可怕的武器。至於它的存放地點，則是地下的整備基地。由於博士的腳受了傷，因此史內克不能帶著博士一起行動。不過博士卻表示他會自己想辦法，反正他有著隱形迷彩，只要找一個安全的地方躲起來就可以了。
接著史內克和梅若取得連絡，告訴她博士已經沒事了。不過這段通訊還沒有結束梅若就切斷了通訊，看樣子她可能是遭遇了什麼危險。於是史內克從博士的手中取得了等級四的ID卡，就離開了博士。
核彈儲存庫地下一樓
從剛才的情況來判斷，梅若所在的位置應該是核彈儲存庫地下一樓。因此史內克來到這裡，想找到梅若。在這一層會發現幾位士兵，但是卻沒有辦法分辨出那一位才是梅若假扮的。因此史內克就躲在這裡觀察，會發現其中的有些士兵會進入男廁中，如此就可以分辨出那一位是梅若假扮的。
作者註：除了這個辦法外，也可以觀察士兵行走的動作。如果之前在逃出牢房的時候您有仔細的觀察，應該可以很快的從士兵的步法中看出那一位是梅若假扮的。
確定那位士兵是梅若假扮的之後，就可以走到她的面前讓她看到史內克。此時她不會發動攻擊，反而會轉身跑向女廁。於是史內克也跟著進入女廁，就可以見到梅若的真面目了。從梅若的手中，取得了一張可以解除核彈發射的卡片。據說要有三張卡片才可以解除核彈，但是梅若卻表示她也只從貝克總裁的手中拿到這一張而已。
作者註：如果說史內克可以在被梅若發現了之後以最快的速度進入女廁所，那麼將會發現梅若的衣服只換到一半，呈現相當性感的姿態。
反正是要去阻止核彈的發射，因此下一個目標就是Metal Gear的存放處。雖然說史內克覺得帶著梅若有些礙手礙腳，並且認為以她這樣的菜鳥是無法面對如此嚴苛的挑戰。不過梅若表示自己絕對不會妨礙史內克執行任務，若是真的發生了什麼事，那麼就請史內克殺了她。由於梅若的手中持有可以打開所長房間的ID卡，因此史內克只好同意了她的要求。
頭目戰：心靈曼提斯
與梅若會面的史內克，準備一同前往北方的地下整備基地，但是在跨入所長室之後，梅若卻像頭痛發作一樣倒下，當她再次站起來時，已經不像是之前的梅若了。她雙眼無神，舉著槍，搖搖晃晃地接近史內克。 而且講了一些奇怪的話，史內克從和坎貝爾上校的連絡中得知梅若被心靈曼提斯(Psycho Mantis)控制，因此使用震撼彈(STUN.G)成功地震昏梅若。
震昏梅若之後，就要開始攻擊曼提斯。此時一方面小心的躲開曼提斯控制的飛行物體，慢慢的用武器或是拳腳來攻擊他。在攻擊的過程中它會再次喚醒梅若，並且控制梅若用手槍指著自己的太陽穴，此時若是不趕快再將梅若震昏的話，她會在控制下開槍打死自己。就這樣一面阻止梅若的行為，小心的打倒曼提斯。
作者註：若您是使用搖桿來進行遊戲的話，此時請您改用鍵盤來進行遊戲。由於曼提斯有著讀心的能力，您使用搖桿的行動會被他預先得知，因此會使得您的攻擊全部沒有效果。
洞窟
打倒曼提斯之後，梅若也恢復了正常。使用獲得的等級五的ID卡，就可以進入所長室上方的洞窟。在洞窟裡相當的黑暗，同時也有狼群在這裡活動。這些狼群是打不死的，但若是不理會的話，它們也是會攻擊史內克的。就這樣一面打退狼群，慢慢的爬過洞窟的通道進入下一個區域。
作者註：洞窟裡相當的黑暗，因此要找到可以爬過的地道也有點困難。如果找不到的話，試著沿著牆壁慢慢的移動，就可以看到那些地道了。
地下通路
來到這個區域後，梅若表示要史內克先不要行動，等著看她通過地雷陣。於是史內克等著她走過地雷，沿著她的腳印通過了地雷區。不過就在史內克通過此地之後，梅若卻被敵方的狙擊給擊倒了。看著倒在眼前的梅若，史內克雖然知道這是個圈套，敵人不過是用梅若來當作引誘他的誘餌，但是又不能眼看著梅若這麼流血而死。
在和坎貝爾上校連絡後，史內克確定了這一定是恐怖份子中以狙擊聞名的狙擊伍爾夫(Sniper Wolf)所設下的圈套。雖然說梅若要史內克一槍殺了她，不過史內克卻沒有辦法眼看有人死在他的眼前。為了要救出梅若，史內克需要能和敵人對決的武器，於是史內克返回坦克庫房地下二樓，在那裡存放有一具狙擊槍(PSG-1)，再回到這個地方來。
作者註：在回去取得狙擊槍的同時，不要忘了順便補充一下其他的彈藥。由於這裡無論史內克回去的時間多晚，都不會影響之後的劇情發展。因此利用這個時間好好的補充一下彈藥，對後面的遊戲進行會有幫助。
頭目戰：狙擊伍爾夫
在這一場戰鬥中，雙方都是使用狙擊槍來進行攻擊。仔細的觀察遠方的通信塔，就會發現伍爾夫的身影。利用狙擊槍瞄準她的位置，幾次攻擊之後就可以打敗伍爾夫。
作者註：在進行狙擊的時候，時間一長手就會開始發抖，如此一來就不好進行瞄準。此時建議吃一顆鎮定劑(Diazepam)，就可以穩住手的抖動。
打倒伍爾夫後繼續前進，卻沒有發現梅若的身影，留在地上的血跡，似乎表示了梅若的未來。沿著路來到通道對面的通信塔，也發現不到剛剛打敗的伍爾夫的身影。就在準備踏入通信塔的同時，警鈴響起一大批的士兵出現團團的包圍了史內克，使得他不得不放下武器。
拷問室
在史內克清醒之後，發現自己在拷問室內，全身被固定在電擊器上。在史內克的眼前，則是伍爾夫、奧塞羅、以及恐怖份子的首腦利奎得‧史內克(Liquid Snake)，一個和自己有著相同稱號的傢伙。
原本利奎得想要親自指揮此次的拷問，不過一通無線電通訊打斷了他的興致。由於政府拒絕了他的要求，因此他決定去準備在時限到了的時候發射核彈，好好的教訓一下政府。
在利奎得離開之後，奧塞羅開始詢問有關解除核彈卡片的事，他問史內克為什麼只有一張卡片，其他的兩張在那裡。由於史內克一直都沒有讓他滿意的回答，因此他決定要開動電擊器，看看史內克什麼時候才願意說。如果說史內克屈服了，那麼梅若的性命將會不保。
作者註：在這裡的選擇將會影響結局時和史內克逃出基地的同伴，如果說史內克在拷問的中途屈服了，那麼最後梅若將會死亡，史內克會看哈爾博士一起逃出去；如果說史內克可以撐到最後，那麼將可以和梅若一起逃出去。
被逮捕的史內克被扣在電擊拷問台上，奧塞羅對史內克進行拷問，從電擊拷問機流出高壓電流，會讓史內克吃足了苦頭。無論最後史內克為了保護梅若的生命忍了下來，或是最後真的受不了而放棄抵抗。最後史內克都會被送到監牢裡。
監牢
當史內克醒過來之後，會發現自己被關在監牢裡。此時無線電響起，又是坎貝爾上校的連絡。事情到了這個階段，坎貝爾知道再也瞞不下去。由於總統即將與俄羅斯簽署武器削減條約，因此若是Metal Gear的事情爆發，會使得這次的談判無法進行下去。為了要不讓這個醜聞曝光，所以才派了史內克前來。
通訊到這時，史內克發現身邊有著達帕局長的屍體。從它的外觀來看，好像已經死了有好幾天了。不過奇怪的是達帕局長不是才死沒有幾小時嗎，怎麼會有如此大的變化。然後史內克和直美談起了許多關於銀狐、基因工程、以及許多許多的事情。
仔細的觀察在房間外巡邏的士兵，他就是之前被梅若脫了制服的那位士兵。由於當時受了風寒，因此每過一段時間他就會跑去廁所。就在他跑去廁所的同時，史內克聽到了有腳步聲，而哈爾博士的身影出現在房間的窗口。雖然說他沒有辦法救出史內克，但是卻將一包蕃茄醬(Ketchup)交給史內克，然後就再次隱身消失在史內克的視線內。
利用這個士兵還沒有回來的時候，史內克可以立刻趴下使用蕃茄醬，讓蕃茄醬流出造成流血一般的狀況。等到士兵回來的時候，就會因為這突來的狀況開門進來查看。這個時候起身打倒士兵，就可以離開牢房取回所有的裝備了。當然在這個地方也可以不要使用蕃茄醬，只要在士兵不注意的時候躲在床下，也可以讓士兵以為史內克不見了而開門進來。
作者註：在這裡無論使用那種方式，要注意的是都要在士兵去廁所的時候使用。如果是士兵在巡邏的時候這麼作，那麼將很難產生效果。
離開此地之後，沿著同樣的方式前往之前被捕的地點。由於史內克已經有了等級六的ID卡，因此一些原本無法打開的電子鎖也都可以開啟了。在所有可以取得的東西中，位於核彈儲存庫地下一樓的感冒藥(Medicine)是相當重要的東西。由於史內克在打倒看守的士兵時可能會被感染，會導致之後不斷的打噴嚏，如此一來很容易被士兵發現。因此使用感冒藥就治好這個狀況，讓史內克繼續不發聲響的執行任務。
通訊塔A棟
再次來到剛才被捕的地點，這一次進入此地雖然還是會引發警報，但是只要不斷的向塔上前進就可以了。在一面往上爬的同時，敵人會不斷的出現來阻擋史內克的去路。雖然說敵人會不斷的出現，不過建議在這個時候不要花時間纏鬥，只要打倒擋路的敵人不斷的向上前進就可以。
作者註：不過在往上走的同時，要注意身上是否取得了繩索(Rope)。因為到了通訊塔的頂樓時會有劇情產生，而這一段劇情需要有繩索。按常理來說，只要正常的前進，都會在進入通訊塔的同時取得繩索才對。不過若您真的沒有取得，請先下樓取得吧。
來到頂樓的時候，一踏出房間，就會看到一台雌鹿式武裝直升機出現在史內克的面前。駕駛直升機的利奎得一看到史內克，就會發射飛彈來進行攻擊。於是史內克來到頂樓的右上角，使用繩索跳下通訊塔。利用繩索一面躲開直升機的機槍掃射，一面閃過通訊塔外側噴出的氣體慢慢向下降，終於來到通往通訊塔B棟通道上。
作者註：在通道上可以用C4炸後方的門，就可以打開進入通訊塔A棟的門。這一門，在之前沿路走上頂樓的時候曾經有經過，不過卻因為外面結凍而無法打開。使用C4之後，就可以打開了。
從通道上往通訊塔B棟的方向看，會看到三位士兵站在那裡。在這裡建議使用狙擊槍把它們一一擺平，不要冒險走過去和它們硬拼。打倒這些士兵之後，就可以順著走道進入通訊塔B棟了。
通訊塔B棟
進入通訊塔B棟之後，先沿著樓梯下樓。不過才走到一半，就發現樓梯因為爆炸的關係已經斷了。在沒有辦法的情況下，只好向塔頂走。在往上的樓梯途中，史內克突然感覺到前方好像有什麼人的樣子，於是他小心的拿出手槍，指向看似沒有人的通道。
此時傳來哈爾博士的聲音，而他也從隱身的狀態出現的史內克的面前。由於電梯目前已經故障了，因此史內克要求哈爾博士想辦法將電梯修好，自己打算到頂樓去看看。
作者註：在通往頂樓的路上，有許多地方架設有機槍。如果不想被這些機槍攻擊的話，可以沿路不斷的投擲干擾手榴彈(CHUFF.G)，就可以讓這些機槍失去作用無法攻擊。
頭目戰：雌鹿式攻擊直升機
來到塔頂的時候，雌鹿式攻擊直升機又出現在史內克的面前。由於之前已經取得了針刺飛彈(STINGER)，因此就可以裝配上針刺飛彈，用它來和利奎得所駕駛的直升機決一死戰。
在和直升機對決的時候，要小心它所裝配的機關槍。躲開機關槍的掃射之後，再小心的用針刺飛彈進行攻擊。由於針刺飛彈有著導向的功能，因此在鎖定之後再發射幾乎可以百分之百的命中。這是一場苦戰，在發射數枚針刺飛彈擊中它之後，直升機開始歪向另一邊墜了下去。
解決直升機之後，接到了哈爾博士的連絡，原來電梯已經被修好了。於是史內克沿著樓梯下樓，來到電梯的面前。在和哈爾博士連絡後，確定了可以經由一樓經過雪原通往Metal Gear的存放處。於是史內克進入電梯，搭著電梯下樓。此時奇怪的事情發生了，電梯裡明明就只有一個人，但是卻響起了超載的警報聲。此時哈爾博士的通訊來到，警告史內克說有四件隱形迷彩不知去向。聽到這件事，史內克立刻知道了在這電梯裡除了自己之外，還有四個穿了隱形迷彩的敵人。於是拿出武器向著四方掃射，將這些隱身的敵人打倒。
作者註：雖然說是隱身，不過各位只要仔細的看一下還是可以發現敵人的位置。由於這些隱形迷彩是以光學的技術所設計的，因此它所造成的效果就好像是透過一片玻璃似的。如果仔細的看，還是可以發現敵人的身影。
搭乘電梯來到一樓之後，就可以沿著通道進入雪原。不過才一進入雪原，史內克就受到敵人的攻擊。於是史內克立刻呼叫哈爾博士，想知道是不是還有其他的隱形迷彩。就在哈爾博士表示隱形迷彩就只有就只有這麼幾件之後，史內克推測攻擊他的應該是伍爾夫了。能夠在這冰天雪地的環境下狙擊的，除了她大概也沒有別的人能辦到了。
頭目戰：狙擊伍爾夫
和之前使用狙擊槍對決的那一場一樣，仔細的找尋伍爾夫的位置，使用狙擊槍來進行攻擊。如果發生手發抖的情況，吃一顆鎮定劑就可以穩住手的抖動。若是覺得在這種冰天雪地的環境下找不到伍爾夫的位置，可以用兩種不同的辦法來找到她。一是看她吐出的熱氣，在這種環境下吐出的氣是很容易看到的。如果這樣你還是找不到，試著使用紅外線夜視鏡，這會讓史內克看得更清楚的。
作者註：除了使用狙擊槍之外，在這個地方也可以使用無線搖控火箭來對伍爾夫發動攻擊。在發射火箭之後，搖控火箭找到伍爾夫的位置，也可以發揮相當大的效果。
打倒伍爾夫之後，哈爾博士也趕到了。雖然說哈爾博士暗戀著伍爾夫，但是身為兩個不同陣營的人是不能在一起的。於是史內克結束了這一場決鬥，從此地的通道進入了熔礦爐。
作者註：在雪原的四週有許多小房間，在裡面可以獲得相當充足的彈藥補充。在這些房間中，有一間須要等級七的ID卡才可以打開的房間。由於目前史內克只持有等級六的ID卡，因此這個房間要等到以後再過來。
熔礦爐
進入此地之後，史內克會發現這是一個相當炎熱的地點。由於底下不斷流著融化的鐵礦，因此若是不小心跌下去，是會被燒死的。在這裡目前唯一可以通行的道路，就是位於左側牆壁旁那一條狹窄的路。想要從這邊通過，就必須全身貼在牆上才可以勉強的站在上面。在通過的同時，也要小心上方移動的鋼板，如果被鋼板撞上了，也會因此跌入下方的溶礦中。
作者註：這一段的通過方式很麻煩，一點不小心就會導致遊戲結束。不過等到這次通過了之後，以後若是要再到此地來，就可以搭乘電梯行動了。
小心的通過之後，躲開此地的士兵，就可以來到貨物升降機。不過此時無線電再次的響起，無線電的另一方是米勒教官，從他的口中得知直美可能是間諜。原來直美說自己的祖父是FBI的調查員，曾經在1950擔任調查黑手黨的任務。不過那時候FBI並沒有亞裔的調查員，而且1960年才開始黑手黨的調查行動。由於之前達帕局長以及貝克總裁的橫死，使得史內克不得不懷疑直美的身份。就這樣帶著懷疑的想法，史內克搭上了貨物升降梯。
貨物升降梯
啟動貨物升降梯之後，緩緩的降了下去。此時一批士兵跳進了升降梯內，與史內克展開了戰鬥。好在這批士兵不是很難對付，只要小心躲開他們的攻擊，就可以將他們一一擊倒。接下來再換搭另一座貨物升降梯，進入了地下倉庫。
頭目戰：火神砲雷文
在地下倉庫裡，史內克會遇到恐怖的對手。這個名叫火神砲雷文(Vulcan Raven)的傢伙，是恐怖份子中使用重兵器的專家。他的身上背了一具巨大的火神砲，對史內克發動攻擊。
面對這個頭目建議不要硬拼，依您身上擁有的武器，可以使用各種不同的方式來對付他。舉例來說，如果您身上有足夠的地雷，那麼可以在他會經過的道路上設置地雷，然後等他自己踏上地雷爆炸受傷；如果說你有不少C4炸藥的話，更是可以用手動的方式引爆炸藥來對付他；若是這兩者都沒有的話，可以試著用無線搖控火箭，將火箭從他的背後射過去，如此也可以打敗他。總之，千萬不要嘗試著與他面對面，史內克手中的武器是沒有辦法和他的火神砲相比的。
作者註：如果你要使用無線搖控火箭，那麼要確定火箭是從他的背後攻擊。如果說火箭被他發現的話，那麼將會被火神砲擊毀。
打倒雷文之後，他還沒有馬上死亡。從他的口中，史內克得知一項巨大的陰謀。原來當初在牢房中遇到的達帕局長，其實並不是真正的局長。在那裡出現的達帕局長，其實是由恐怖份子中的誘餌奧克托帕斯(Decoy Octopus)所假扮的。為了要達到百分之百的假扮，他還抽取了達帕局長的血液將它注入自己的體內。就在史內克想要繼續問下去的時候，雷文終於斷氣了。而一群烏鴉就這麼一擁而上，將雷文的屍體吃得乾乾淨淨的。
此時來自米勒教官的無線電再次響起，又帶來了關於直美的情報。原來出現在基地裡的直美並不是真正的直美，她不知道用什麼方式，獲得了在中東地區消失的真正直美博士的身份，於是坎貝爾上校決定去詢問直美這是怎麼一回事。
先是從雷文的口中得知那時的達帕局長是假冒的，現在又知道直美也是假冒的。對於這一連串複雜的問題，史內克實在不知道該怎麼辦。於是他打開了無線電，向哈爾博士詢問是否發現了什麼。哈爾博士表示Metal Gear擁有了相當可怕的技術，就是可以讓飛彈隱形的技術。有了這項技術，不但世界的和平會被破壞，就連正在簽定的協約恐怕也會消失。為了要找出解除發射系統的方式，史內克要哈爾博士繼續調查，自己要繼續執行任務。
地下基地
從地下倉庫通過北邊的房間，就可以進入地下基地了。一踏入此地，就可以看到巨大的Metal Gear Rex就站在史內克的面前。這台三層樓高的機械，就是這次任務的目標。於是史內克從一旁的梯子爬到上面，沿著通道來到中央的司令室。在來到司令室門口的時候，聽到了裡面傳來講話的聲音，於是史內克停下了腳步，豎起耳朵偷聽裡面在說些什麼。
在司令室內是奧塞羅以及利奎得，他們正在講到啟動核彈的事。奧塞羅表示已經完成了啟動的手續，現在隨時可以發射了。在利奎得的指示下，核彈的目標將會訂在中國的羅布泊。只要這次的行動成功了，美國政府就會知道他們是認真的，也會因此好好考慮他們的要求。就在此時無線電響了起來，是哈爾博士的連絡。
原來哈爾博士已經解開了貝克總裁的秘密檔案，找出了解除系統的方式。史內克手中所持有的那張卡片，其實正是解除一切的關鍵。這張卡片原來是使用記憶合金所製，因此在不同的溫度下會產生變化。也就是說，這張卡片在各種溫度下將會有三種不同的變化，這就是那三張卡片的秘密。
由於哈爾博士表示在司令室內就有那三台電腦，因此史內克不由得探頭去看看是否真的是這樣。不過這個行動卻被奧塞羅發現了，它舉槍擊中了史內克手中持有的卡片，就在卡片跌落到基地一樓的同時，司令室的門也關上，讓史內克一點辦法都沒有。
於是史內克只好回到基地一樓，來找尋被打落的卡片的所在位置。在一樓的四週有一條水道，裡面有許多的東西。這張卡片就掉在裡面，因此只有一一將所有的東西撿起來看看。不過在這許多的東西中，有一件物品是定時炸藥，如果不趕快把它丟掉的話，是會被炸死的。
作者註：要知道自己是不是撿到了定時炸彈，只要打開道具的列表，就可以知道了。如果真的不小心撿到，那麼趕快使用的方式將它丟掉，就可以避免死亡的狀況。
仔細的調查所有水道中的道具，就可以找到這項重要的東西。如果各位覺得還是很難找到的話，也可以利用地雷探測器。還有一種狀況，就是這張卡片可能會被出沒此處的老鼠叼走。若是發生這樣的狀況，各位就要注意雷達上移動的目標，然後在老鼠出現的水道處將卡片取回。
司令室
取回了卡片之後，就可以再回到司令室。此時奧塞羅以及利奎得都已經不在了，留在此地的則是哈爾博士曾提到的那三部不同功能的電腦，而這就是解除發射的裝置。先將黃色的卡片插入黃色的主機中，就先解除了第一步的動作。然後依哈爾博士所說的，將卡片放在不同溫度的地點，讓它產生變化。
就在史內克再次搭乘貨物升降梯的時候，米勒教官又來了連絡。原來他知道了國防部研究出了一種新的病毒名叫Fox Die，可以感染特定的對象，讓人像是心臟病發一般的死亡。於是史內克打開與坎貝爾上校的連絡頻道，想要詢問有關直美的事情。上校的回答讓史內克更加吃驚，原來直美一直在向基地傳送訊號，因此已經將她逮捕了。既然上校已經行動了，那麼史內克也不好繼續干涉下去，因此就繼續執行任務。
還記得熔礦爐以及地下倉庫這兩個地點嗎，這裡分別熱和冷的代表地點。讓史內克來到這兩個地點，然後取出卡片放在身上一段時間，就會看到這張卡片產生了變化。在熔礦爐卡片會變成紅色的；地下倉庫卡片則會變成藍色的。帶著這張產生變化的卡片來到司令室，依序啟動另外兩部電腦，完成開啟三部解除系統的動作。
作者註：當您帶著已經變成紅色的卡片由熔礦爐經過地下倉庫的時候，千萬不要在當地停留太久，因為那是有可能導致卡片變成藍色的。
就在史內克帶著第三張卡片前往司令室的路上，無線電又再次響起。接通了無線電後，發現對方居然是直美。直美表示她雖然不是真正的直美，不過她並不像上校所說的是個間諜。她偽裝自己的身份，只不過是為了要報仇而已。因為她是由銀狐所養大的，因此對於史內克在之前的任務所造成的後果懷恨在心，所以才會有這樣的行為。
接下來史內克開始詢問有關Fox Die的事，它是一種經過設計的病毒，只對特定的人感染，之後就會潛伏在被害者體內。由於它是生化科技工程所創造的，因此會去對應特殊細胞的基因組。當符合條件的時候，它們就開始產生TNF元素殺死細胞。接著TNF元素會隨著血液流入心臟，只要心臟的細胞接觸到TNF元素時，就會初現像是心臟病發一樣的狀況。原本史內克還想繼續詢問有關使用病毒的事，但是直美與他的連絡卻被坎貝爾上校發現了，就這麼通訊被中止了。
於是史內克來到司令室，將第三張卡片插入電腦中。此時電腦語音傳來的卻是第三組密碼輸入確認作業程序完畢，起爆密碼啟動準備發射。正當史內克在懷疑事情怎麼會變成這樣的時候，米勒教官的連絡又來了。在他的口中，史內克得知了另人吃驚的事情。
原來就算是有讀心能力，也無法讀出達帕局長的起動密碼，再加上奧塞羅拷問的時候失手殺了他，因此沒辦法進行發射，在缺少核彈發射的威脅，他們的要求政府根本不可能理會。既然發射不了，我們要想想別的辦法，於是，他們給了史內克一些重要的資訊，讓奧克托帕斯達帕局長，想讓他來套出密碼，可惜的是因為病毒的原因使他也死了。
就在這一連串的計謀下，史內克終於成為別人的棋子，在自以為解除的核彈裝置的狀況下，居然反而啟動了核彈裝置。由於這個卡片只有一次的使用機會，因此現在連阻止的方式都沒有了。
讓史內克驚訝的事還不只這些，接下來米勒教官又說了。既然發射準備程序已經完成，當世界瞥見這種武器的能力，白宮將毫無選擇地將Fox Die的血清交給他。對於米勒教官如此的言論，終於讓史內克懷疑起他的真實身份。就在史內克提出問題的同時，坎貝爾上校的通訊傳來了不幸的消息。原來米勒教官已經死亡超過三天，和他的Codec也斷了線。但是美玲說米勒教官的訊號來自基地內部，所以正在和你講話的人，不知道是什麼人。
而假冒的米勒教官也不想再繼續假扮下去了，他撕下了假面具，露出了真正的面目。原來這個米勒教官就是利奎得。利奎得對史內克攤牌之後，就將史內克關在司令室內，同時灌入毒瓦斯，此時的史內克趕快戴上防毒面具，然後呼叫哈爾博士前來援救。就在哈爾博士的協助下，終於逃出了司令室。
沿著走道來到Metal Gear的前面，就看到利奎得就站在前方。利奎得露出令人不愉快的笑容，對史內克說著他自己的大道理。他罵史內克甘心成為政府的走狗，盲目地聽從命令而失去了戰士的榮譽。這個拯救人質、停止核彈發射，全都是幌子！國防部讓史內克進入基地來，只不過是要和他們每個人接觸，這就是為什麼貝克總裁和易容為達帕局長的人會死掉的原因。
利奎得接著又說了，國防部根本就是利用史內克，前來散佈Fox Die病毒。只要此地的人都死光了，那麼他們就可以順利的回收Metal Gear，同時也可以掩飾這一件醜聞。利奎得又說直美竟然只為了復仇而動用Fox Die，雖然還不知道她對Fox Die動了什麼手腳，不過反正已經將Fox Die的血清列入要求清單中，就沒有關係了。雖然所有人都已經暴露在病毒之下了，Fox Die好像還有缺陷，所以兩人都沒有發生異狀。
到了這個階段，史內克終於瞭解了利奎得的身份。原來兩人是雙胞胎。兩個人唯一的不同，就是史內克得到最好的基因、最優良的基因；而利奎得的身上全都是劣種的基因。就這樣，所以史內克變成Big Boss最優秀的子代，而利奎得的存在只是為了創造他罷了。所以利奎得我對Big Boss充滿了恨意，由於史內克親手幹掉了他們的父親，讓他我失去報仇的機會。現在利奎得要完成父親的工作，完成他的願望。
頭目戰：Metal Gear Rex
在和Metal Gear Rex戰鬥的時候，要注意它所擁有的武器。首先要投出干擾手榴彈(CHUFF.G)來干擾它的射控雷達，讓它不能使用重型的武器。接著使用針刺飛彈對它的雷達鎖定攻擊。如果說它發射飛彈的話，就要朝著Metal Gear的方向前進，讓飛彈找不到目標而無法擊中史內克。
這樣連續攻擊數次之後，Metal Gear就會因為功能受創而無法繼續攻擊。此時利奎得突然發起狂來，它駕著Metal Gear，決定用衝撞的方式來結束史內克。此時好久不見的忍者又出現在史內克的眼前，它以自己的軀體擋住了利奎得的攻擊行動。不過忍者畢盡不是Metal Gear的對手，才沒有兩下子就被踩扁了。就在這個時候，銀狐終於恢復了自己的意志，原來他就是一直默默的協助史內克的神秘人物，那個140.48的無線電對象就是他。銀狐以自己的力量造出了機會，讓史內克發射針刺飛彈擊毀了Metal Gear。就在史內克漸漸昏迷的過程中，彷彿看到了利奎得的身影向自己靠近。
作者註：在銀狐的協助下，終於可以正式對Metal Gear發動攻擊。使用針刺飛彈對駕駛座攻擊數次後，就可以正式擊毀這台可怕的武器。
頭目戰：利奎得
等到史內克清醒之後，發現利奎得就站在自己的面前，這是最後的戰鬥了，為了要打倒利奎得，為了要救出梅若，史內克必須要在這裡看利奎得做最後的戰鬥。由於國防部已經決定對基地進行全面性的轟炸，因此若是不在時間內打倒利奎得的話，就連自己以及梅若都會死在這個基地裡。這是政府為了要掩飾Metal Gear所執行的任務，也是要將所有知道事情真象的人一併消滅的最終計劃。
在史內克和坎貝爾上校連絡的時候，上校表示他會盡量阻止這個全面轟炸行動的進行。不過上校的努力畢盡是白費的，來自更高層的指揮者取消了上校的任務指揮權，並且以洩漏最高機密和叛亂罪將它逮捕。原來政府只想把記錄有所有實驗資料的MO磁片取回，至於所有會使得這件醜聞曝光的事實，以及史內克和利奎得兩人，就算是被炸死也不在乎。
時間雖然很緊急了，但是利奎得卻不願停手，因此史內克不得不在這裡與他展開最後的決鬥。終於在時間內打倒了利奎得，眼看著他跌到基地的下方，只傳來一陣淒厲的慘叫聲。
作者註：這一場戰鬥的時間是有限制的，若是不能在三分鐘內打倒利奎得，那麼會導致同歸於盡的。因此要掌握時間，盡量在可能的情況下打倒他。
依之前在拷問時玩家的決定，在這裡的劇情發展會略有不同。若是在之前的拷問中屈服了，那麼當史內克打倒利奎得之後，會發現梅若早就已經死了。原本史內克已經心灰意冷，不再有任何的行動。不過在哈爾博士的鼓勵下，才開始逃出基地的行動；若是撐過了之前的拷問，那麼在這裡將可以救醒梅若，然後兩個人一起逃出基地。
逃離通道
無論是和梅若還是哈爾博士，故事發展到了這個階段，史內克和一起逃出的同伴將會找到一部吉普車，於是兩個人坐上吉普車，沿著逃離基地的通道前進。在逃出的路上會有兩個有士兵看守的檢查哨，史內克利用車上裝配的機槍就可以打倒所有的士兵，並且突破檢查哨繼續前進。
不過就在最後的通道上，後方會傳來利奎得的呼聲。原來這該死的利奎得見不得史內克離開基地，也開著吉普車追了上來。在利奎得所駕駛的吉普車上也裝配有機槍，因此史內克必須一片躲避他的攻擊，一面使用機槍攻擊他。最後就在通道的盡頭，兩部吉普車一起翻覆，而利奎得也終於結束了他邪惡的一生。
此時無線電再次響起，連線發現是坎貝爾上校來的連絡。原來上校終於還是阻止了這次的轟炸任務，他將這一切事件像是Metal Gear、演習、以及病毒的事情，全部都報告給總統。原來這一切都是金姆‧豪斯曼(Jim Houseman)一個人搞出來的，因此坎貝爾上校重新取得了完整的任務授權，也阻止了轟炸基地的任務。上校告訴史內克在附近的洞窟中藏有一部雪上機車，因此史內克可以利用它離開此地。就這樣，史內克踏上了雪上機車，踏出了自己的一步。
雖然這次的事件已經結束了，但是真的就到此結束了嗎？在結局之後，一段無線電的通訊隱藏著更大的秘密。而這，應該是下次的事件了‧‧‧
作者註：在遊戲結束後，會提供存檔的機會。以後若是繼續這個存檔來進行遊戲的話，會根據這個結局時逃出的夥伴不同，而有不同的特殊道具。舉例來說，若是最後是和哈爾博士逃出來，那麼下次進行遊戲的時候，一開始就擁有隱形迷彩可以使用；如果說是和梅若一起逃出來的話，那麼下次開始遊戲的時候，身上則會擁有可以讓彈藥無限的頭巾(Bandana)。這兩件道具可以讓您再次進行遊戲的時候有不同的樂趣，請務必取得後再次進行遊戲。
(2001.01 發表於電腦玩家雜誌)
銀狐 Silver Fox。一個在遊戲業打滾30年的老頭，現在則是半退休狀態的說書人。有空喜歡玩玩遊戲，談談遊戲產業的事。喜歡出國旅遊，四處吃吃美食增加體重和膽固醇，當當兼職的遊戲顧問、做遊戲的評測，玩一玩自己有興趣的遊戲。